M. var assistent for arkitekt Christian Christie fra våren 1875, både i dennes private praksis og ved arbeidene ved domkirken i Trondheim. Han fortsatte hos ham også etter sitt Hannover-opphold, men sluttet i september 1882 pga. sterk meningsforskjell om en del forhold under restaureringen. M. kritiserte bl.a. Christies gjentagelse av noen få ornamentale former, og mente at selvstendig skapende kunstnere måtte bringes inn i arbeidet. M. utførte den kjente tegningen som viser kirkens bevarte middelalderske deler. Han kom også tidlig til den erkjennelse at vestfronten måtte løses som en skjermfasade, og hans utkast, antagelig fra 1883, ble publisert i Teknisk Ukeblad etter hans død.
M. oppholdt seg i Bergen 1883 - 84, og utførte her restaureringen av Fantoft (Fortun) stavkirke, hovedsakelig i analogi med Borgund. Dog må den åpne svalgang sees som M.s selvstendige bidrag til norsk stavkirkearkitektur. Den er rimeligvis basert på vestsvalen til Urnes, men ble kritisert allerede av Lorentz Dietrichson i 1892. Under de store stridigheter innen Fortidsminnesmerkeforeningens bergenske Filialafdeling i 1883 ble M. benyttet som arkitekt av arkitekt Peter Blix' motstandere. Han tegnet således utkast til restaurering av Håkonshallen, og muligvis også planer for Hopperstad stavkirkes gjenreisning i Nygårdsparken.
M. dro til USA i 1884 der han først bosatte seg i New York. Han fikk ansettelse på R. H. Robertsons kontor. Av helbredsgrunner dro han så til San Francisco, der han angivelig ledet oppførelsen av vestkystens første skyskraper, The Crocker Building. Han var medinnehaver av firmaet J. B. Mathisen & Geo. H. Howard. De skal ha oppført en rekke privathus, deriblant flere for byens økonomiske overklasse. I 1895 fikk han av San Franciscos skolevesen i oppdrag å tegne 3 nye skoler, og han skal ved sin død ha vært en av byens ledende arkitekter. Av en samtidig norsk-amerikansk arkitekt ble han karakterisert som "en ganske overordentlig dygtig mand".