E. ble i 1693 utnevnt til kongelig Bygmester, Stadsbygmester i København og Søetatens Bygmester; i 1696 ble han av kongen sendt til Stockholm for å overvære bygging av N. Tessin d.y.s modell til det planlagte nye Frederiksberg Slot i København. I 1703 reiste han etter kongelig befaling til Bergen for å påse at byen ble gjenreist på en tilfredsstillende måte etter bybrannen 1702. Han var Generalbygmester 1716–35 og fra 1729 også Etatsraad.
E. har som byggmester og generalbyggmester utført mange store prosjekter i Danmark, særlig i København, både for kongen og for private byggherrer. Danske forskere er og har vært uenige om hvilke bygninger han har tegnet og hvilke han har vært byggmester/entreprenør for under andre arkitekters ledelse. I de senere år er Ernst blitt tilskrevet en rekke av de mest fremtredende bygninger i København fra begynnelsen av 1700-tallet bl.a. Operahuset i Fredericiagaden, Holmen kirkes kapel, det første Frederiksberg Slot, Løngangen mellom København Slot og Proviantgården samt Orangerihusene i Rosenborg haven. Felles for disse bygninger er at de bygger videre på Lambert van Havens hollandske barokk-klassisisme. Fra en kraftig sokkel går doriske pilastre mellom hvert vindusfag ubrutt opp til en profilert takgesims. Bygningene har høye valmtak; flere har frontong over midtrisalitten. Like etter 1705 forlot E. den hollandsk influerte barokk og bygningene hans viser italiensk og fransk innflytelse.
For norsk arkitekturhistorie er hans byggevirksomhet i København 1700–05 av største betydning. I 1702 ble 9/10 av Bergens bebyggelse lagt i aske. Pga. de økonomiske og sosiale forhold samt de nye bygge- og reguleringsforskrifter som bl.a. påla murtvang for de viktigste deler av byen, tok det tid før gjenreisningsarbeidet kom i gang. E. fikk i oppdrag av kongen å se nærmere på forholdene og sørge for at byen generelt, og de offentlige bygninger spesielt, ble oppført på en tilfredsstillende måte og med minst mulige omkostninger. E. var i Bergen fra 1. juli til høsten/vinteren 1703. Han gjennomgikk de godkjente reguleringsplaner og byggeforskrifter samt senere forslag og forandringer av disse. Etter å ha undersøkt forholdene i byen meget omhyggelig, la han fram i en beretning til kongen reguleringsforslag og tegninger til de offentlige bygninger. Han bygde i alt vesentlig på de tidligere godkjente planer og forskrifter, men han lempet på kravene på enkelte punkter og prøvde å komme fram til løsninger som var gjennomførbare i den brannherjede byen, og som i det lange løp ville være til byens beste. Forslagene hans ble alle godkjente av kongen og synes i hovedtrekkene å ha blitt gjennomført.
De offentlige bygninger i Bergen som man med sikkerhet vet at han har levert tegninger til, og i noen tilfelle også laget modell til, mangler de barokk-klassisistiske stiltrekk som nå ansees å være karakteristiske for hans bygninger i Danmark før 1705. Ett av de privatbygg han er blitt tilskrevet i Bergen har nettopp disse stiltrekk. Det er Stiftsgården på Rådstuplass, som ble oppført under ledelse av byggmester Hans Martin Heintz sammen med to italienske murere. Heintz var for øvrig byggmester og entreprenør for flere av de bygg E. laget tegningene til. Dette gjelder både for Domkirken og Korskirken som ble gjenoppbygd. Av forandringer kan nevnes at de gamle søyler ble erstattet med nye, men langt færre enn tidligere. Rådhuset ble også gjenreist. Her planla han mindre forandringer av planløsningen og en ny utvendig dobbeltrapp. Av de øvrige offentlige bygg han tegnet er det bare Manufakturhuset som står i dag. Det består av en rektangulær midtbygning med to sidefløyer. Bispegården, revet 1840, hadde en langt mer uregelmessig plan. Dette skyldes at gjenreisningen var påbegynt før E. kom til Bergen, og ved planleggingen rettet E. seg etter bispens ønsker om hvordan han ville ha bygningen innredet. Felles for denne bygning og Manufakturhuset er at de er to-etasjes murbygg med glattpusset murverk uten andre dekorative bygningsdetaljer enn en kraftig profilert takgesims. Over gesimsen reiser det seg et høyt valmtak med sortglasserte pannestener. Ved plassering av vinduer og dører er det lagt like stor vekt på det praktiske som det symmetriske, noe som synes å være et ufravikelig krav ved alle hans bygninger. Manufakturhuset og Bispegården er av stor betydning for forståelsen av 1700-tallets byggekunst i Bergen og for E. som arkitekt.